სიტყვა აბაშაარაბულიდან მომდინარეობს, ლეგენდის თანახმად არაბებს მდინარის გადალახვა სურდათ, მაგრამ ის ადიდებულა და ერთმანეთს უყვიროდნენ „აბა - შა“, ე. ი. უკან დავიხიოთო. „ქართლის ცხოვრებაში“ მემეტიანე ჯუანშერის ცნობის მიხედვით VIII საუკუნეში მურვან ყრუს ლაშქარში მყოფი 23 000 ეთიოპიური წარმოშობის აბისინელი ქვეითი ერთმა ადიდებულმა მდინარემ დაახრჩო, ხოლო მეორე მდინარემ კი წაიღო 35 000 ცხენი. ამის გამო ერთ მდინარეს აბაშა, მეორეს კი ცხენისწყალი ეწოდა.
სოფლები აბაშა, კვათანა და საკაჭარავო XIX საუკუნის დასაწყისში შედიოდა საჭილაოს სამოურავოში. ტერიტორიის ჩამოყალიბება ურბანულ ცენტრად დაკავშირებულია 1870 წელს თბილისი-ფოთის რკინიგზის გაყვანასთან, როდესაც გაიხსნა რკინიგზის სადგური აბაშა. რკინიგზის სადგურის მიმდებარე ტერიტორიას ეწოდა ახალი აბაშა და მან მოიცვა ყოფილი სოფლები აბაშა, კვათანა, კაპანა, ნოღოხაში და საკაჭარავო. 1923 წლიდან მიენიჭა დაბის სტატუსი. 1930 წლიდან გახდა რაიონის ცენტრი. 1938 წელს ჯერ კიდევ ცალკე სოფლად იხსენიებოდა ნოღოხაში. 1963 წლიდან აბაშას მიენიჭა ქალაქის სტატუსი.