ეპარქიის ისტორია იწყება 1978 წლიდან, როდესაც უწმინდესისა და უნეტარესის, სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქის ილია II-ის ძალისხმევით გახდა შესაძლებელი ამ მხარეში ეპარქიის დაარსება. 1978 წელს აღდგენილ სამცხე-ჯავახეთის ეპარქიის შემადგენლობაში შედიოდა ბორჯომის ხეობაც. 1995 წლის 5 აპრილს, საქართველოს მართლმადიდებელი ეკლესიის წმინდა სინოდის კრების განჩინებით, სამცხე-ჯავახეთის ტერიტორიულად მეტად განვრცობილი ეპარქიის საფუძველზე ჩამოყალიბდა ბორჯომისა და ახალქალაქის ეპარქია. 2002 წლის 17 ოქტომბერს კი, წმინდა სინოდის გადაწყვეტილებით, ბორჯომისა და ახალქალაქის ეპარქიის საფუძველზე დაარსდა ორი ეპარქია: ა) ახალქალაქისა და კუმურდოს და ბ) ბორჯომისა და ბაკურიანისა. ბორჯომისა და ბაკურიანის ეპარქიის მმართველ მღვდელმთავრად წმინდა სინოდმა მანამდე ბორჯომისა და ახალქალაქის ეპარქიის მმართველი, მაღალყოვლადუსამღვდელოესი მთავარეპისკოპოსისერაფიმე ჯოჯუა დაადგინა. 2017 წლის 2 იანვრიდან ეპარქიის მმართველობა მანამდე გერმანიისა და ავსტრიის ეპარქიის მმართველს, მთავარეპისკოპოს ლაზარე სამადბეგიშვილს გადაეცა.
