ვილჰელმ რენტგენი სწავლობდა ქალაქ უტრეხტში, ტექნიკურ სკოლაში. 1865 წელს ის გამორიცხეს სკოლიდან, რადგან დააბრალეს ერთ-ერთი მასწავლების კარიკატურის დახატვა. სკოლის ატესტატის არ ქონის გამო, რენტგენს შეეძლო უნივერსიტეტში ლექციებს დასწრებოდა ვიზიტორის სტატუსით. 1865 წელს, მან სცადა ჩაებარებინა ამავე ქალაქში მდებარე უნივერსიტეტში, მაგრამ არასაკმარისი აკადემიური მოსწრების გამო, ის სასწავლებელში არ მიიღეს. ამის შემდეგ რენტგენი გამოცდები ჩააბარა ფედერალურ პოლიტექნიკურ ინსტიტუტში (ამჟამინდელი შვეიცარიის ციურიხის უმაღლესი ტექნიკური სკოლა (გერმ. Eidgenössische Technische Hochschule Zürich) და სწავლა დაიწყო მექანიკური ინჟინერიის განხრით. 1869 წელს მან დაიცვა სადოქტორო ხარისხიციურიხის უნივერსიტეტში. რენტგენი პროფესორ ავგუსტ კუნდტის საყვარელი სტუდენტი იყო, ამიტომ მას გაჰყვა და შემდეგი მოღვაწეობა განაგრძო სტრასბურგის უნივერსიტეტში.[1]