ამგავარად, ქვეყანამ რომელმაც მოახერხა და თავიდან აიცილა საომარი მოქმედებები იუგოსლავიის დაშლის დროს, ალბანური უმცირესობის მხრიდან დადგა სეპარატიზმის საფრთხის წინაშე. სეპარატისტები მაკედონიაში მცხოვრები ალბანელების უფლებების გააფართოებას ცდილობდნენ. სეპარატისტები ითხოვდნენ ალბანელებისათვის ავტონომიის მინიჭებას ტეტოვოს თემში, სადაც მოსახლეობის 70,3 % ალბანელია (საკუთრივ ქალაქ ტეტოვოში ალბანელია მოსახლეობის 54,6 %).
საბოლოოდ მოხდა კონფლიქტის პოლიტიკური დარეგულირება, 2001 წლის აგვისტოში ქალაქ ოჰრიდში დაიდო სამშვიდობო ხელშეკრულება. ამავე წლის ნოემბერში კი მიიღეს მაკედონიის კონსტიტუციის 15 შესწორება, რომელიც ოჰრიდის შეთანხმების პრინციპებზე იყო დაფუძნებული.
