პირველი რაც ანდრონიკე III-მ ხელისუფლებაში მოსვლის შემდეგ გააკეთა, იყო თავისი უმცროსი ძმების გიორგისა და მიხეილის დახოცვა. ერთ-ერთი ძმა ბასილი კი კონსტანტინოპოლში გაიქცა. ანდრონიკეს ამ ქმედებებმა გამოიწვია მოსახლეობის აღშფოთება და ქვეყანა სამოქალაქო ომამდე მიივანა, რის შედეგადაც მმართველობის მეოცე თვეს იგი მოკლეს. ანდრონიკეს მემკვიდრე გახდა უკანონოდშობილი შვილი მანუელ II.