ანა ჯერ კიდევ გაუთხოვარი იყო, როცა თავისი ძმა სიგიზმუნდი გარდაიცვალა. უმეფოდ დარჩენილ პოლონეთს მეფე უნდა აერჩია. კანდიდატთა შორის ანამ მნიშვნელოვანი მონაწილეობა მიიღო ანრი ვალუას პოლონეთის მეფედ არჩევაში. პირადად იგი ცდილობდა დაერწმუნებინა პოლონეთის სეიმი, რომ ანრი ვალუა შესაფერისი კანდიდატურა იყო პოლონეთის ტახტისტვის.ასეც მოხდა, 1573 წელს ანრი პოლონეთის მეფედ აირჩიეს. თუმცა რამდენიმე თვეში შემდეგ ანრი საფრანდეთში გაიპარა და პოლონეთი ისევ უმეფოდ დარჩა. ისევ მოეწყო მეფის არჩევნები1574 წელს. ამჯერად პოლონეთის მეფე გახდა ანა იაგელონი. 1575 წლის 13 დეკემბერს იგი აირჩიეს პოლონეთის მეფედ, შესაბამისად მიიღო ლიტვის დიდი მთავრის ტიტული. 1576 წელს ცოლად მისთხოვდა სტეფანე ბატორს, უნგრელ დიდებულსა და ტრანსილვანიის თავადს, რომელიც პოლონეთის თანამმართველი გახდა ანა იაგელონთან ერთად.
ანამ თავის ქმარზე მეტ ხანს იცოცხლა და უშვილოდ დაიღუპა. მის მემკვიდრედ ცხადდებოდა თავისი უმცროსი დის ერთადერთი შვილი კატერინა პოლონელი, შვედეთის დედოფალი- სიგიზმუნდის ( სიგიზმუნდ III ვაზა ) მეუღლე. ანა დაეხმარა სიგიზმუნდს გამხდარიყო რეჩ პოსპოლიტას მეფე, მის სიცოცხლეშივე. თავად ანა დასახლდა ცხოვრობდა თავის სამფლობელოში, სადაც დაიბადა და თავისი ცხოვრების დიდი ნაწილი გაატარა.
ვარშავა, სანამ იგი გახდებოდა პოლონეთის დედაქალაქი, იყო ანას რეზიდენცია. სწორედ მან შეამკო და გაამშვენიერა ქალაქი, მის დროს აშენდა მრავალი იმ შენობათაგან, რომლებიც დღესაც ამშვენებს პოლონეთის დედაქალაქს. აგრეთვე მისი მოწადინებით შექმნა მრავალი ცნობილი საფლავის ქვა ვაველის კათედრალში, მათ შორის თავისი ძმის სიგიზმუნდ II ავგუსტის, და საკუთრივ მისი მონუმენტი სიგიზმუნდის სამლოცველოში (ორივე 1574–1575 წლებში, არქიტექტორი-სანტი გიჩი)
Letkiewicz, Ewa (2006). Klejnoty w Polsce: Czasy ostatnich Jagiellonów i Wazów (in Polish). Wydawnictwo Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej. ISBN 83-227-2599-X.
Stone, Daniel (2001). The Polish-Lithuanian state, 1386–1795. A History of East Central Europe. Seattle: University of Washington Press. ISBN 0-295-98093-1.