ყურადღება! ქვემოთ მოყვანილია სიუჟეტის და/ან დასასრულის დეტალები.
ალტერნატიული რეალობა, ევროპის ტექნიკური განვითარება XX საუკუნის დასაწყისში (ე.წ. ’დიზელპანკი’). ლაპუტა არის მფრინავი კუნძული, რომელსაც ზოგიერთი მილიტარული სიმძლავრის ობიექტად თვლის, ზოგი კი - დიდი განძის სამალავად. მაგრამ მისი მოძებნა მხოლოდ მფრინავი ქვის დახმარებით არის შესაძლებელი. გოგონა სიტას ეს ქვა აქვს და ამიტომ მას ყველა ეძებს. ხომალდზე, რომლითაც იგი მიფრინავს, მფრინავი მეკობრეების თავდასხმა ხორციელდება. გოგონა ეცემა მაღაროელების ქალაქში, სადაც გაიცნობს ბიჭუნა პაზუს. მეკობრეები არ კარგავენ ქვის მოპოვების იმედს და მათ ამ საქმეში კონკურენციას უწევენ სამხედროები. ისინი იჭერენ სიტას. მოულოდნელად თილისმა აცოცხლებს გიგანტურ საბრძოლო რობოტს და სიტა გარბის საპყრობილედან. სამხედროებთან რჩება ქვა. ისინი პოულობენ კუნძულს. მაგრამ მათ ასევე მისდევენ მეკობრეები, რომლებიც უკვე პაზუსა და სიტას ეხმარებიან. სამხედროებს კი მართავს მუსკა - ლაპუტის მემკვიდრე. მას სურს სამყაროს დაპყრობა.
კუნძულის სახელწოდება აღებულია რომანის გულივერის თავგადასავალი ერთ-ერთი ნაწილიდან, სადაც ასე ეწოდება მსგავს მფრინავ კუნძულს. იაპონურ ვერსიაში ’ლაპუტა’ ჟღერს, როგორც ’რაპუტა’, ვინაიდან იაპონურ ენაში ასო-ბგერა ’ლ’ არ წარმოითქმის.
ბევრი თვლის, რომ პერსონაჟების სახელების ნაწილი აღებულია მიაძაკის ტელესერიალიდან მომავლის ბიჭუნა კონანი
რობოტი, რომელიც მონაწილეობს ამ ფილმში, ასევე ჩნდება მიაძაკის ტელესერიალის ლუპენ III ერთ-ერთ სერიაში. ამ რობოტის მოდელი ნატურალური ზომით წარმოდგენილია Studio Ghibli-ს მუზეუმში.