შეიქმნა 2008 წლის ბოლოს საქართველოს სამხედრო-საზღვაო ძალების და სასაზღრო პოლიციის სანაპირო დაცვის შერწყმის გზით, როგორც მრავალფუნქციური საზღვაო სამსახური. საქართველოს სანაპირო დაცვა დამოუკიდებლად ან სხვა პასუხისმგებელ ორგანოებთან ურთიერთქმედებით ახორციელებს საზღვაო თავდაცვით, სასაზღვრო-პოლიციურ, ორგანიზაციულ-სამართლებრივ, ადმინისტრაციულ, გარემოსდაცვით, ძებნა-გადარჩენით და საზღვაო მოღვაწეობასთან დაკავშირებულ ღონისძიებებს, ხოლო ომის შემთხვევაში ახორციელებს სამხედრო ფლოტის ფუნქციებს.
