1865 წელს, რენტგენმა სცადა ჩაებარებინა უტრეხტის უნივერსიტეტში, მაგრამ არასაკმარისი აკადემიური მოსწრების გამო, ის სასწავლებელში არ მიიღეს. ამის შემდეგ რენტგენი გამოცდებს აბარებდა ფედერალურ პოლიტექნიკურ ინსტიტუტში (ამჟამინდელი შვეიცარიის ციურიხის უმაღლესი ტექნიკური სკოლა (გერმ. Eidgenössische Technische Hochschule Zürich) და სწავლა დაიწყო მექანიკური ინჟინერიის განხრით. 1869 წელს მან დაიცვა სადოქტორო ხარისხიციურიხის უნივერსიტეტში. რენტგენი პროფესორ ავგუსტ კუნდტის საყვარელი სტუდენტი იყო, ამიტომ მას გაჰყვა და შემდეგი მოღვაწეობა განაგრძო სტრასბურგის უნივერსიტეტში.[1]