ამხერი მდებარეობს ისტორიულ სამცხეში. წერილობით წყაროებსა და ძველ რუკებზე შემორჩენილია სოფლის თავდაპირველი სახელი ავხერი. დასახლების სიძველეზე მიუთითებს მთის ფერდობზე ნაპოვნი კერამიკული სადგარი (ძვ. წ. III ათასწლეული). თხემზე შემორჩენილია ნაციხარის კედლები, რომელიც ნაგებია მშრალი წყობითა და კირხსნარით. აქ აკრეფილი კერამიკა ადასტურებს, რომ ეს წინაფეოდალური სიმაგრე მოქმედებდა ადრინდელ ფეოდალურ ხანაშიც. ციხის სამხრეთ-აღმოსავლეთით განვითარებული ფეოდალიზმის ხანის ეკლესიის ნანგრევებია. ეკლესიის ირგვლივ ჩანს სასაფლაოსა და გალავნის ნაშთები. „გურჯისტანის ვილაიეთის დიდი დავთრის“ მიხედვით XVI საუკუნის ბოლოს ამხერი შედიოდა ახალციხის ლივის უდის რაიონში და იყო ათკომლიანი სოფელი, სადაც განვითარებული იყო მეფუტკრეობა, მეცხვარეობა, მემინდვრეობა. ამხერის მკვიდრი მაჰმადიანი ქართველები (მესხები) 1944 წელს შუა აზიაში გაასახლეს. სოფელი აღდგა 1987 წლიდან, ამჟამად ამხერში ცხოვრობს ხულოს მუნიციპალიტეტიდან ჩამოსახლებული მოსახლეობა. შემორჩენილია შედარებით გვიანდელი პერიოდის მაჰმადიანური მეჩეთი.